Die zeitliche Organisation von Online-MBA-Studiengängen ist oft so angelegt, dass berufstätige Teilnehmende ihre Weiterbildung möglichst flexibel einplanen können. Die Studienpläne erstrecken sich in vielen Fällen über 18 bis 36 Monate, wobei die Prüfungs- und Studienphasen zeitlich gestreckt werden. Dieses Modell erlaubt eine Anpassung an individuelle Lebensumstände und berufliche Verpflichtungen.

Module sind meist in einzelne Lektionen untergliedert, die entweder synchron in festgelegten Zeiträumen stattfinden oder asynchron bearbeitet werden können. Asynchrone Module schaffen dabei Freiräume für das Lernen abseits fester Termine, wohingegen synchrone Sitzungen auf Interaktion und Austausch ausgerichtet sind. Die Mischung beider Formen kann dabei variieren und wird von den jeweiligen Hochschulen unterschiedlich genutzt.
Ein wichtiger Aspekt der Studienstruktur ist zudem die Zahl und Art der zu absolvierenden Leistungspunkte (ECTS), die den akademischen Grad absichern. Die Verteilung der Punkte über einzelne Module kann dabei differenziert sein, je nachdem, ob es sich um Managementgrundlagen, fachliche Spezialisierungen oder Projektarbeiten handelt. Typischerweise sind Module so gestaltet, dass sie aufeinander aufbauen und den Lernprozess systematisch unterstützen.
Manche Programme bieten zudem die Möglichkeit, einzelne Module oder Zertifikatskurse auch unabhängig vom gesamten MBA abzuschließen. Dies kann für Studierende interessant sein, die punktuell Wissen erwerben möchten oder ein flexibleres Weiterbildungsformat suchen. Insgesamt zeigt sich eine breite Variation hinsichtlich der zeitlichen und strukturellen Gestaltung digitaler MBA-Angebote.