Fyysiseen replikaatioon perustuvat ETF:t pyrkivät seuraamaan kohde-etuutena olevaa indeksiä mahdollisimman tarkoin ostamalla indeksin sisältämiä arvopapereita. Tämä rakenne voi tehdä rahaston toiminnasta läpinäkyvän ja riskeiltään helposti arvioitavan, sillä sijoittajat voivat nähdä, mihin varat on sijoitettu. Tämän tyyppiset ETF:t voivat kuitenkin joskus kohdata haasteita esimerkiksi vähemmän likvidien kohde-etuuksien ostossa.

Syntteettiset ETF:t käyttävät johdannaisia, jolloin varsinaisen indeksituoton saavuttaminen ei edellytä suoraa arvopaperiomistusta. Swap-sopimusten avulla rahasto voi pyrkiä seuraamaan erikoisempien tai vaikeasti saavutettavien markkinoiden tuottoja. Tässä rakenteessa sijoittajan on hyvä huomioida vastapuoliriski, koska lopullinen tuotonmaksu riippuu usein swap-vastaosapuolen kyvystä täyttää sopimusvelvoitteensa.
Diversifioidut ETF:t voivat sisältää arvopapereita useista toimialoista tai markkina-alueista. Tällaisen hajautuksen tavoitteena on jakaa riskiä useampaan kohteeseen, jolloin yksittäisten markkinoiden liikkeet vaikuttavat vähemmän koko sijoituksen arvoon. Toisaalta laaja hajautus voi joskus vaikuttaa myös tuoton potentiaaliin, jos jotkut markkinasegmentit menestyvät selvästi muita paremmin tietyllä aikavälillä.
Jokaisen rahastotyypin valintaan liittyy tyypillisesti huomioitavia tekijöitä, kuten kulurakenne, seurattavan indeksin rakenne ja rahaston hallinnointikäytännöt. Sijoittajan on hyvä vertailla ETF-rahastojen perustietoja ja tarkistaa, miten kustannukset, verotus ja raportointikäytännöt asettuvat omiin tavoitteisiin nähden. Näin voidaan muodostaa realistinen kuva siitä, miten oma salkku saattaa hyötyä eri ETF-tyypeistä.