Zugriffssteuerung ist ein zentraler Baustein innerhalb von Enterprise SaaS, um sensible Daten vor unbefugtem Zugriff zu schützen. Typischerweise umfassen solche Systeme Rollen- und Berechtigungskonzepte, die es ermöglichen, differenzierte Rechte zu vergeben und so den Zugriff auf Informationen exakt zu regeln. In deutschen Organisationen wird darauf geachtet, dass diese Mechanismen auch den Anforderungen der DSGVO gerecht werden, insbesondere hinsichtlich der Datenminimierung und Zweckbindung.

Die Datensicherheit in Enterprise SaaS wird vielfach durch Verschlüsselungstechnologien unterstützt, die sowohl bei der Übertragung als auch bei der Speicherung von Daten Anwendung finden. Dies kann die Vertraulichkeit und Integrität der Informationen erhöhen, auch wenn die Daten in einer Cloudumgebung liegen. Die Einhaltung von Standards wie ISO 27001, die in Deutschland häufig als Nachweis für angemessene Sicherheitsmaßnahmen erwartet wird, spielt eine Rolle bei der Auswahl von SaaS-Anbietern.
Viele Enterprise SaaS-Systeme bieten zudem Funktionen zur Protokollierung aller Datenzugriffe beziehungsweise systemrelevanter Ereignisse an. Diese Audit-Trails dienen als wichtige Grundlage für Sicherheitsanalysen und Compliance-Prüfungen. In Deutschland sind solche Dokumentationen neben Datenschutz auch im Rahmen von branchenspezifischen Regelungen, beispielsweise für Finanzdienstleister, oft vorgeschrieben.
Es ist nicht selten, dass SaaS-Anbieter zusätzlich lokale Rechenzentren in Deutschland oder der Europäischen Union betreiben, um gesetzlichen Anforderungen zur Datenhaltung gerecht zu werden. Die physische Nähe und entsprechende Zertifizierungen können in bestimmten Fällen relevant sein, um Vorteile bei der regulatorischen Bewertung zu erzielen oder um internationale Datenschutzanforderungen zu erfüllen.