Das Thema Sicherheit ist für Dokumentenmanagementsysteme ein zentraler Aspekt, gerade in Bezug auf sensible Unternehmensdaten. Zugriffsrechte werden in der Regel granular definiert, sodass unterschiedliche Nutzergruppen oder Einzelpersonen differenzierte Befugnisse für Lesen, Bearbeiten oder Löschen von Dokumenten erhalten können. Diese Rechteverwaltung ist Teil eines Sicherheitskonzepts innerhalb des DMS.

Teilweise werden Zugriffsrechte durch Rollenmodelle gesteuert, die sich an der Organisationsstruktur orientieren. So kann beispielsweise eine Abteilung oder Position bestimmte Dokumente vollständig einsehen, während andere Nutzer nur eingeschränkten Zugriff haben. Dies unterstützt den Datenschutz nach geltenden gesetzlichen Vorgaben, etwa der Datenschutz-Grundverordnung (DSGVO) in Europa.
Technische Sicherheitsmaßnahmen können Verschlüsselung bei der Speicherung und Übertragung der Dokumente umfassen. Diese Methoden minimieren Risiken von Datenverlust oder unbefugtem Zugriff. Zusätzlich sind Audit-Funktionen in vielen DMS implementiert, um die Protokollierung von Nutzeraktionen zu gewährleisten und somit Nachvollziehbarkeit zu schaffen.
In Deutschland gewinnen zudem Anforderungen an die Langzeitarchivierung und dokumentenechte Speicherung an Bedeutung. Insbesondere in regulierten Branchen wird auf die Einhaltung gesetzlicher Rahmenbedingungen Wert gelegt, was durch entsprechende Softwarezertifizierungen unterstützt werden kann. Die Kompatibilität mit solchen Standards ist ein zu berücksichtigendes Kriterium bei der Nutzung von DMS.